Sekretariat Jenderal
Sekretaris Jenderal: Dr. Arie Sudihar, S.H., M.Hum.
 
Sekretariat Jenderal Komisi Yudisial adalah aparatur pemerintah yang di dalam menjalankan tugas dan fungsinya berada dan bertanggung jawab langsung kepada Pimpinan Komisi Yudisial. Sekretariat Jenderal dipimpin oleh seorang Sekretaris Jenderal. Sekretariat Jenderal mempunyai tugas memberikan dukungan administratif dan teknis operasional kepada Komisi Yudisial.
 
Sekretariat Jenderal terdiri dari:
 
a. Biro Rekrutmen, Advokasi, dan Peningkatan Kapasitas Hakim
Kepala Biro Rekrutmen, Advokasi, dan Peningkatan Kapasitas Hakim: Untung Maha Gunadi, S.H., M.Si
 
Bertugas melaksanakan penyiapan penyelenggaraan rekrutmen, advokasi, peningkatan kapasitas, dan upaya peningkatan kesejahteraan hakim.
 
b. Biro Pengawasan Perilaku Hakim
Kepala Biro Pengawasan Perilaku Hakim: Dr. Mulyadi, S.H., M.S.E.
 
Bertugas melaksanakan penyiapan penyelenggaraan pemantauan dan pengawasan terhadap perilaku hakim.
 
c. Biro Investigasi
Kepala Biro Investigasi: Handarbeni Sayekti, S.H., M.H.
 
Bertugas melaksanakan penyiapan penyelenggaraan investigasi terhadap laporan dugaan pelanggaran Kode Etik dan/atau Pedoman Perilaku Hakim secara tertutup dan penyediaan informasi rekam jejak Calon Hakim Agung dan Hakim Ad Hoc di Mahkamah Agung.
 
d. Biro Perencanaan dan Kepatuhan Internal
Kepala Biro Perencanaan dan Kepatuhan Internal: R. Adha Pamekas, S.Kom., M.Si.
 
Bertugas melaksanakan penyusunan rencana dan program dukungan administratif dan teknis operasional, serta kepatuhan internal di lingkungan Sekretariat Jenderal.
 
e. Biro Umum
Kepala Biro Umum: Ir. Supriatna, MMSI.
 
Bertugas melaksanakan administrasi kepegawaian, keuangan, ketatausahaan, perlengkapan dan kerumahtanggaan di lingkungan Komisi Yudisial, serta kerja sama dan hubungan antar lembaga.
 
f. Pusat Analisis dan Layanan Informasi
Kepala Pusat Analisis dan Layanan Informasi: Jumain, SE
 
Bertugas melaksanakan analisis dalam rangka pelaksanaan penelitian dan kajian terhadap hakim, putusan hakim, badan peradilan dan kelembagaan Komisi Yudisial, serta pengelolaan data dan layanan informasi, dan hubungan masyarakat.